Zu den wichtigen Organen des Musikbundes von Ober- und Niederbayern gehören 

• die Delegiertenversammlung
• Versammlung der Bezirksleitungen.

In beiden Organen wird die Ausrichtung des MON diskutiert und festgelegt. Über die Delegierten und/oder die Bezirksleitungen können die Mitgliedsvereine maßgeblichen Einfluss auf die Aufgaben und die Ausrichtung des MON nehmen.